CIRCexplorer3 使用介绍

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-15

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前面介绍了 CIRCexplorer3: 对 circRNA 进行相对定量，今天介绍一下该软件的大致用法。

软件地址：https://github.com/YangLab/CLEAR

1、分析流程

2、安装

1、安装前需要的软件

CIRCexplorer2 (>=2.3.6)
HISAT2 (>=2.0.5)
StringTie (>1.3.6)
Package (python 2.7 +)
pysam (>=0.8.4)
pybedtools

2、下载和安装

$ git clone https://github.com/YangLab/CLEAR
$ cd CLEAR
$ python ./setup.py install

3、使用示例

CIRCexplorer3 的使用输入文件可以从原始 fastq 文件开始，也可以从 CIRCexplorer2 的 输出数据 开始。

从原始 fastq 文件开始：

使用示例：

$ clear_quant -1 mate_1.fastq -2 mate_2.fastq \
              -g hg38.fa -i hg38.hisat_index \
              -j hg38.bowtie_index \
              -G annotation.gtf \
              -o output_dir

参数说明：

usage: clear_quant [-h] -1 M1 [-2 M2] -g GENOME -i HISAT -j BOWTIE1 -G GTF
              [-o OUTPUT] [-p THREAD]

optional arguments:
  -h, --help            Show this help message and exit.
  -1 M1                 Comma-separated list of read sequence files in FASTQ
                        format. When running with pair-end read, this should
                        contain #1 mates.
  -2 M2                 Comma-separated list of read sequence files in FASTQ
                        format. -2 is only used when running with pair-end
                        read. This should contain #2 mates.
  -g GENOME, --genome GENOME
                        Genome FASTA file.
  -i HISAT, --hisat HISAT
                        Index files for HISAT2.
  -j BOWTIE1, --bowtie1 BOWTIE1
                        Index files for TopHat-Fusion.
  -G GTF, --gtf GTF     Annotation GTF file.
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        The output directory.
  -p THREAD, --thread THREAD
                        Running threads. [default: 5]

从 CIRCexplorer2 输出文件开始：

使用示例：

$ circ_quant -c CIRCexplorer2_output.txt \
             -b hisat_aligned.bam \
             -t -r annotation.refFlat \
             -o quant.txt

参数说明：

usage: circ_quant [-h] -c CIRC -b BAM -r REF [--threshold THRESHOLD]
                     [--ratio RATIO] [-l] [-t] [-o OUTPUT]

optional arguments:
  -h, --help            Show this help message and exit.
  -c CIRC, --circ CIRC  Input circular RNA file from CIRCexplorer2.
  -b BAM, --bam BAM     Input mapped reads from HISAT2 in BAM format.
  -r REF, --ref REF     The refFlat format gene annotation file.
  --threshold THRESHOLD
                        Threshold of FPB for choose circRNAs to filter linear
                        SJ.[default: 1]
  --ratio RATIO         The ratio is used for adjust comparison between circ
                        and linear.[default: 1]
  -l, --length          Whether to consider all reads' length? [default: False]
  -t, --tmp             Keep tmp dir? [default: False]
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        Output file. [default: circRNA_quant.txt]

输出结果说明：

输出为 output_dir/quant/quant.txt：

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